Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 Wonogiri sebagai lembaga pendidikan dasar yang berciri khas Islam dalam merumuskan visi madrasah mempertimbangkan harapan peserta didik, orang tua peserta didik, lembaga pengguna lulusan madrasah dan masyarakat. Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 Wonogiri juga berupaya merespon perkembangan dan tantangan internal dan eksternal madrasah, serta menjawab tantangan ilmu pengetahuan dan teknologi; perkembangan informasi dan globalisasi yang sangat cepat. Untuk itu Madasah Ibtidaiyah Negeri 2 Wonogiri ingin mewujudkan harapan tersebut melalui visinya yang mulia, yaitu :“Terwujudnya Peserta Didik yang Berakhlak Mulia, Berprestasi, dan Berwawasan Lingkungan”
Misi disusun agar visi dapat tercapai. Misi disosialisasikan kepada seluruh warga Madrasah / Madrasah yang dijabarkan dalam program dan kegiatan.